Zur Mikrobiologie gehören die verschiedenen Labortätigkeiten, die zur Diagnose von Infektionskrankheiten beitragen. Dabei werden anhand von mehreren Proben die ursächlichen Mikroorganismen oder die Antikörper nachgewiesen, die aufgrund der betreffenden Mikroorganismen gebildet wurden. Im Weiteren werden deren Merkmale bestimmt, insbesondere die Empfindlichkeit von Bakterien auf Antibiotika.

Diese Aktivitäten sind in die Abteilung für Infektionskrankheiten des Zentralinstitut der Spitäler integriert, das zusätzlich zur Mikrobiologie alle Bereiche umfasst, die mit Infektionskrankheiten zusammenhängen: Sprechstunden im Bereich Infektiologie, Infektionsprävention und -kontrolle (Spitalhygiene oder Spitalepidemiologie), Reisemedizin, Tests für HIV/Aids und andere sexuell übertragbare Krankheiten sowie Bekämpfung von übertragbaren Krankheiten.

Die Mikrobiologie deckt mehrere Bereiche und Techniken ab: die Bakteriologie, die Parasitologie, die Molekularbiologie und die Serologie.

Die von den Spitälern und praktizierenden Ärzten gewünschten Analysen werden von spezialisierten biomedizinischen Technikern durchgeführt, die unter der Aufsicht von Ärzten oder Biologen stehen, welche Spezialisten für medizinisch-mikrobiologische Analytik FAMH sind.