Titulaire d’une licence en droit de l’Université de Berne et d’un diplôme de l’Institut des hautes études en administration publique (IDHEAP) à Lausanne, Pascal Strupler a débuté sa carrière en 1986 à l’Administration fédérale des contributions (DFF), avant de rejoindre, en 1990, l’Office fédéral des affaires économiques extérieures. Responsable de section au Bureau de l’intégration DFAE/DFE de 1995 à 1998, il a, en cette qualité, fait partie de plusieurs délégations chargées des négociations bilatérales entre l’Union européenne et la Suisse.
De 1998 au début de l’année 2003, Pascal Strupler a été le collaborateur personnel du conseiller fédéral Pascal Couchepin. De février 2003 à décembre 2009, il a assumé la fonction de secrétaire général du Département fédéral de l’intérieur.
Directeur de l’Office fédéral de la santé publique depuis le 1er janvier 2010, il a quitté cette fonction en septembre 2020 pour relever de nouveaux défis.